全国抗战爆发后，东北抗日联军与日寇展开了艰苦卓绝的斗争，日增派兵力联合讨伐抗联各部，1939年抗联各路军进入极端艰苦困难的时期。在日军推行的军事、政治、经济、文化相结合的极端器张的形势下，东北抗联部队中的一些高级将领、干部和战士相继牺牲，到了1941年，抗联人数只剩下1000余人。

在这种敌强我弱的情况下，吉东、北满、南满三个省委于1941年集会，会议确定了保存干部、积累力量、除留部分部队在东北坚持斗争外，决定实行战略转移。会后，抗联各路军的主力都先后转移到苏联的哈巴罗夫斯克和沃罗什诺夫近郊、进行整训、政治学习和军事训练。1941年8月1日，以原抗联人员为基础成立东北抗联教导旅，东北抗日联军教导旅接受了苏方授予的正式番号：苏联远东红旗军独立步兵第88旅游，名义上列入苏军序列，旅长周保中，副旅长李兆麟，崔石泉任参谋长。下辖4个教导营、2个直属连（迫击炮、通讯），全旅约有1000人，其中原抗联队伍700人。按照正规军建设的要求和战时需要，结合东北抗日游击战争的实际，在苏军帮助下，对指战员进行系统的现代化军事训练，包括爆破、空降、滑雪、通信等特殊技能训练。为便于对这些过境部队的统一领导和管理。抗联在伯力附近建立了南北两个野营，北野营位于黑龙江边，能与外界联系，又非常隐蔽，先期过境整训的第二路军总部直属部队、第三路军三支队，约300余人驻扎在此，而南野营是抗联第一路军警卫旅和二、三、方面军约500人驻扎于此。周保中担任这两个野营的中共党组织的领导人。在苏联境内整训的3年多时间里，教导旅一边整训，一边从营地陆续派出小部队返回祖国东北进行情报侦察和各种游击活动。从1941年春到1945年8月以前，抗联共派遣小部队约30余支，累计人数在300名以上。

1945年，抗日战争进入最后阶段，东北党委会和教导旅在新的形势下，决定动员抗联主力部队和分散活动的小部队全体指战员在教导旅的统一指挥下，团结一致，准备参加全国抗战总反攻的伟大战斗。1945年6月，抗联开始进行反攻东北对日作战的各项准备工作，1945年8月8日，苏联政府宣布对日作战，8月9日，斯大林领导和指挥的百万苏联红军，向中国东北的东部、北部和西部边境发动进攻。同日，毛泽东发表《对日寇最后一战》的声明。8月10至11日，朱德总司令发布受降及配合苏军作战等七道命令。东北抗日联军教导旅在周保中、李兆麟、冯仲云等领导下举行誓师大会，号召抗联战士执行党的“七大”路线，协同苏联红军解放东北，迎接党中央和主力部队。会后抗联余部三百三十多人，分派到东北各大中城市和五十多个县组织自己的武装，潜伏于东北各地的抗联小部队全线出击，向日本侵略者发起总攻，为最后战胜日本侵略者，起到重要作用。