1946年2月15日，南京审判战犯军事法庭成立，最初全称是“中国陆军总司令审判战犯军事法庭”。1946年7月，国防部成立，改隶于国防部，易名为“国防部审判战犯军事法庭”。南京审判主要审理制造南京大屠杀惨案的日本战犯。法庭根据调查和民众的控告信，向东京盟军总司令部提出，要求将南京大屠杀的主犯和其他罪大恶极的战犯引渡到中国，接受中国对他们的审判。1946年8月1日被盟军总部关押在巢鸭监狱的战犯谷寿夫由中国驻日代表团派人押送至中国，入上海战犯监狱，后关押在南京小营战犯拘留所。1947年5月22日，中国外交部要求引渡杀人比赛战犯向井敏明、野田毅。9月2日，向井敏明被盟军总部捉拿归案，10月25日，被引渡到上海，11月关押在南京小营战犯拘留所。战犯野田毅也与向井敏明一样于同年被引渡到中国，11月被关押在南京小营战犯拘留所。战犯田中军吉也没有逃脱，于同年5月被引渡到中国接受审判。

南京审判是一部威武雄壮又曲折多变的话剧，既有爱国法官伸张人类正义的民族正气歌，又有侵华战犯无耻狡辩的群丑曲，更有蒋介石、何应钦为发动全面内战而包庇元凶的卖国戏。初步统计，南京军事法庭自1946年2月15日成立至1947年12月25日，共审理战犯102人，其中死刑6人，无期徒刑10人，有期徒刑12人。